এই পৃথিবীতে যাই কিছু তৈরি করা হয়েছে তার পিছনে অনেক মহৎ উদ্দেশ্য রয়েছে। তেমনি মাদরাসাতুল আকসা আল-ইসলামিয়া প্রতিষ্ঠিত করা হয়েছে বিশাল একটি নেক এবং সহীহ উদ্দেশ্য নিয়ে। আমরা বর্তমানে অনেক শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের দিকে লক্ষ্য করলে দেখতে পাই বেশিরভাগ শিক্ষা প্রতিষ্ঠানগুলোই ব্যবসায়ী প্রতিষ্ঠানে রূপ নিয়েছে। শিক্ষাগ্রহণ করাটা সমাজের মধ্যবিত্তদের জন্য একটা বড় কঠিন অবস্থা হয়ে গেছে। সমাজের শিক্ষার এই ক্রান্তিলগ্নে আমরা সমাজের সকল শ্রেণীর মানুষ যেন একসাথে পাশাপাশি বসে একই শিক্ষা গ্রহণ করতে পারে সেই লক্ষ্য ও উদ্দেশ্য নিয়ে আমাদের মাদরাসাতুল আকসা আল-ইসলামিয়া প্রতিষ্ঠানটি প্রতিষ্ঠিত করা হয়েছে। ইসলাম আমাদের ভেদাভেদ নয় ভ্রাতৃত্ব গড়তে শিখায়। তাই সমাজের সকল শ্রেণীর মানুষের কাছে সঠিক দ্বীনি ইলম এবং জেনারেল জ্ঞান পরিপূর্ণভাবে পৌঁছানোর উদ্দেশ্য নিয়েই আমাদের আগামীর পথচলা।